1549 wurde er in Andalusien, in Spanien, geboren und gehörte einer angesehenen Bürgersfamilie an. Seine Mutter verehrte den Hl. Franziskus von Assisi und so bekam er den Beinamen Franziskus. 

Nach einer glücklichen Kinderheit besuchte er die höhere Schule der Jesuiten und machte mit 20 Jahren das Abitur. Er war ein frommer, fleißiger junger Mann, der in der Freizeit gerne Blumen pflegte und auf der Geige spielte. Bereits in dieser Zeit trat er oft als Friedenstifter auf, wenn Menschen miteinander im Zwist lebten. 

1569 tritt er mit 20 Jahren ins Kloster der Franziskaner ein und studierte Theologie

1576 wurde er zum Priester geweiht und leitete in der Gemeinde den Kirchenchor. Er hatte großes Talent zum Predigen und zog mit seinen Worten, herzgewinnend und freundlich in seiner Art, viele Menschen an. 

1583 Pestaufbruch in Andalusien. Seine Liebe, sein Mut und sein Gottvertrauen stärkte die Kranken und schenkte ihnen Frieden und Hoffnung. Die Kraft für diesen Liebensdienst fand er bei Jesus, mit dem er beständig im Gebet war. Bei der Pflege erkrankte er selbst, wurde aber wieder gesund. Darüber hinaus suchte er Gefängnisse auf, um den Gefangenen beizustehen. 

1590 Ankunft in Lima. Auf der Reise dorthin erlitten sie Schiffbruch und nur ein Teil überlebte, weil Franziskus Solanus sie mit Hoffnung und Gottvertrauen stärkte. Er wurde in die Stadt Talavara entsandt, wo er den dortigen Indianern mit viel Wertschätzung begegnete. Zu Tausenden baten sie ihn um die Taufe und er führte sie zum Glauben. Gott wirkte durch ihn zahlreiche Wunder.

Am 14. Juli 1610 verstarb er und wurde in Lima begraben. Am 27.12.1726 wurde er ins Verzeichnis der Heiligen aufgenommen. Die Ehrfurcht und Dankbarkeit, die die Indianer dem Heiligen entgegenbrachten, bewirkten, dass sein Andenken noch weit über seinen Tod hinaus erhalten blieb und in Wort und Lied gefeiert wurde.